Berdasarkan PMA Nomor 19 Tahun 2019 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Kementerian Agama, Bagian Ketigabelas, susunan organisasi Bidang Pendidikan Islam terdiri atas :

1. Seksi Kurikulum, Sarana, Kelembagaan dan Kesiswaan Madrasah. bertugas  melakukan  penyiapan bahan  kebijakan  teknis  di  bidang  pengembangan kurikulum, sarana, kelembagaan, dan kesiswaan pada raudlatul  athfal  dan  madrasah  serta  melakukan pelayanan,  bimbingan  teknis,  dan  supervisi pengembangan  kurikulum,  sarana,  kelembagaan,  dan kesiswaan pada madrasah aliyah dan madrasah aliyah kejuruan.
2. Seksi Guru dan Tenaga Kependidikan Madrasah. bertugas melakukan  penyiapan  bahan  kebijakan  teknis  di bidang  guru  dan  tenaga  kependidikan  pada  raudlatul athfal  dan  madrasah  serta  melakukan  pelayanan, bimbingan  teknis,  dan  supervisi  guru  dan  tenaga kependidikan  pada  madrasah  aliyah  dan  madrasah aliyah kejuruan Seksi Pendidikan Agama Islam;
3. Seksi Pendidikan Agama Islam. bertugas  melakukan penyiapan  bahan  kebijakan  teknis  di  bidang pendidikan  agama  Islam  pada  sekolah  dan  sekolah luar  biasa,  serta  pelaksanaan  pelayanan,  bimbingan teknis,  dan  supervisi  kurikulum,  pendidik,  pengawas, sarana  ibadah,  dan  kerja  sama  pendidikan  agama Islam  pada  sekolah  menengah  atas  dan  sekolah menengah kejuruan.
4. Seksi Pendidikan Diniyah dan Pondok Pesantren. bertugas  melakukan  penyiapan  bahan  kebijakan teknis  di  bidang  pendidikan  diniyah  dan  pondok pesantren  serta  pelaksanaan  pelayanan,  bimbingan teknis,  dan  supervisi  kurikulum,  pendidik,  sarana prasarana,  kesantrian,  kelembagaan,  dan  kerja  sama pada pendidikan diniyah dan pondok pesantren
5. Seksi Sistem Informasi Pendidikan Islam. bertugas melakukan  penyiapan  bahan  kebijakan  teknis, pelayanan,  bimbingan  teknis,  dan  supervisi  di  bidang pengelolaan  data  dan  sistem  informasi  pendidikan Islam